(二)中央支農(nóng)專項的項目管理和資金分配層次多、鏈條長，管理機制不夠科學(xué)。

　　目前，按項目分配的中央支農(nóng)專項資金中，大多采取由下而上層層上報項目，再由中央、省有關(guān)部門選擇確定并直接分配資金到具體項目的工作機制。從審計調(diào)查情況看，現(xiàn)行的這種工作機制中存在一些不夠科學(xué)和需要改進完善之處。

　　主要是層層申報導(dǎo)致時間長、項目執(zhí)行滯后和資金滯撥，影響效率。抽查50個縣申報的4萬多個項目，從項目申報到批復(fù)時間在6個月以上的占總項目數(shù)39%；從項目批復(fù)到資金到位時間在6個月以上的占總項目數(shù)32%。從資金撥付情況看，16個省(自治區(qū))2006年下半年收到的�？钫贾мr(nóng)�？羁傤~的65%(其中第四季度收到的占總額的29.92%)；50個縣第四季度收到的�？钫贾мr(nóng)�？羁傤~的44%(其中12月份收到的占總額的22%)，還有4.57億元當(dāng)年未收到。從項目執(zhí)行情況看，這些縣支農(nóng)項目當(dāng)年組織實施的占57%，當(dāng)年按要求完成的占21%，未實施的項目占43%。由于項目下達和批復(fù)不及時、資金撥付遲緩、項目建設(shè)滯后，影響中央支農(nóng)惠農(nóng)政策的貫徹落實。

　　有的地方對項目和資金重爭取和分配、輕管理和監(jiān)督的問題比較突出。目前中央支農(nóng)專項資金的分配機制，容易導(dǎo)致地方政府為爭取資金而淡化管理和監(jiān)督的責(zé)任。如2005年4月，安徽省農(nóng)業(yè)委員會對太湖縣2003年度沼氣建設(shè)國債項目的驗收結(jié)論是“建池率、建池成功率、國債補助資金到戶率均為100%……驗收合格”，但審計抽查其驗收檢查的九田鄉(xiāng)蘭家村發(fā)現(xiàn)，建池任務(wù)完成率不到50%。

　　(三)部分地區(qū)存在加重農(nóng)民負擔(dān)、損害農(nóng)民利益的問題。

　　審計調(diào)查發(fā)現(xiàn)，一些主管部門(單位)受部門利益驅(qū)動或缺乏責(zé)任心，在支農(nóng)項目實施過程中，仍存在變相增加農(nóng)民負擔(dān)、損害農(nóng)民利益的問題。

　　一是農(nóng)村基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項目(如農(nóng)村公路、沼氣建設(shè)、農(nóng)村安全飲水等)和扶貧等項目的配套資金落實不到位，加重了農(nóng)民的負擔(dān)，也使一些鄉(xiāng)村形成新的負債。審計抽查發(fā)現(xiàn)，50個縣中有16個縣(市)存在此類問題。如黑龍江省樺川、甘南兩縣中央補助扶貧項目，地方財政應(yīng)配套575.84萬元，實際上僅省級落實了60.56萬元。

　　二是擠占挪用支農(nóng)專項資金，影響政策目標實現(xiàn)。據(jù)不完全統(tǒng)計，16個省(自治區(qū))有關(guān)部門和項目單位共擠占挪用中央支農(nóng)專項資金6億多元，其中抽審的50個縣2006年共擠占挪用中央支農(nóng)專項資金1.25億元，用于平衡預(yù)算、彌補行政經(jīng)費不足和發(fā)放補貼等。

　　三是截留、克扣農(nóng)民補助，亂收費，損害農(nóng)民利益。審計調(diào)查發(fā)現(xiàn)，有8個省(自治區(qū))的10個縣(市)存在此類問題。如湖北省監(jiān)利縣2005年擅自截留、扣發(fā)21.25萬戶農(nóng)民的中央專項水稻良種補貼362.62萬元，直至2007年7月經(jīng)審計調(diào)查指出后才陸續(xù)發(fā)放到農(nóng)民手中。

　　(四)地方本級預(yù)算編報中央補助收入不完整的問題仍未得到有效解決。

　　在對2002年和2005年的中央轉(zhuǎn)移支付資金審計調(diào)查中，審計署曾指出地方本級預(yù)算編報中央補助收入不完整的問題，財政部也進行了調(diào)查研究，并出臺了《地方政府向本級人大報告財政預(yù)、決算草案和預(yù)算執(zhí)行情況的指導(dǎo)性意見》，要求“按上一年執(zhí)行數(shù)或上級下達的預(yù)計數(shù)編報”。但從審計調(diào)查情況看，這個問題仍未得到有效解決。2007年，16個省(自治區(qū))有77%的中央支農(nóng)專項資金未按照財政部的規(guī)定編入省本級預(yù)算；50個縣未將中央支農(nóng)專項資金編入縣級預(yù)算的比例高達95%。